Идейными вдохновителями и первыми разработчиками Counter-Strike стали Minh «Gooseman» Lê и Jess «Cliffe» Cliffe (Minh Le (англ.), Jess Cliffe (англ.)). В январе 1999 Minh Le закончил свою деятельность в разработке модификации Quake 2 — Action Quake2, он хотел создать свою собственную многопользовательскую online-игру. В 1998 году в свет вышел Half-Life, а в 1999 в свободном доступе появился SDK-набор для создания модов к нему. Зимой 1999 Minh Le начал заниматься моделированием и программированием для своей новой (пока что безымянной) игры, Jess Cliffe помогал ему, а также занимался раскруткой проекта. В середине марта того же года было придумано название для игры — Counter-Strike, — появились первые посвященные ей сайты. Первая бета-версия мода была выпущена 19 июня 1999 года, а осенью того же года появились первые online-серверы. Будучи бесплатной, Counter-Strike стремительными темпами завоевала аудиторию, конкурируя с такими коммерческими проектами, как Quake III и Unreal Tournament.

Весной 2000 года к проекту подключился Valve, обещая материальную и моральную поддержку. Компания выкупила игру, наняв Minh Le и Jess Cliffe в свой штат, а 8 ноября 2000 состоялся релиз игры Counter-Strike 1.0.